Alguns casos especiais relacionados diretamente a habilitação de Amador, tais como:

Alteração de Domicílio
Nos casos em que o Amador mude de residência, não é necessário solicitar renovação da Habilitação, mesmo que o novo domicílio esteja em uma jurisdição diferente da Capitania responsável pela emissão, ou seja, diferente daquela em que o Amador está inscrito.

Habilitação de Estrangeiro
A Marinha aceita a habilitação de estrangeiro, emitida pela Autoridade Marítima do pais de origem. O estrangeiro que não tenha nenhuma habilitação, se desejar se habilitar, deve observar as mesmas regras para habilitação de brasileiros.

Suspensão ou apreensão da Carteira de Habilitação (CHA)
A Marinha poderá suspender a Habilitação por até 120 dias, sem prejuízo de outras penalidades previstas, quando o Amador:

• Entrega a embarcação a pessoas não habilitada
• Conduzir a embarcação em estado de embriaguez alcoólica ou sob efeito de substância tôxica
• Utilizar a embarcação de esporte e recreio para atividades comerciais
• Utilizar a embarcação para prática de crime.
  

Cancelamento da Carteira de Habilitação
O Amador poderá ter sua CHA cancelada, sem prejuízos de outras penalidades previstas na legislação em vigor, quando:

• Conduzir embarcação com a CHA suspensa
• Por motivo de reincidência nos casos de suspensão e apreensão.